Als David Livingstone auf einer seiner vielen Expeditionen durch Afrika im Jahr 1859 auf den Malawisee stieß, fragte er die Einheimischen nach dem Namen dieses beeindruckenden Wassergebildes. Die Fischer sagten zu ihm „Nyassa“. Livingstone nannte es deshalb „Nyassasee“, da er damals nicht wußte, das „Nyassa“ See bedeutete. Der neuere Name „Malawi“ bedeutet „flammende Wasser“, dies kommt daher, das zu bestimmten Zeiten über dem See so etwas wie rötliche  Rauchschwaden aufsteigen. Dies sind Millionen von frisch geschlüpften Stechmücken, was von weitem aussieht wie aufsteigender Rauch.

Der Malawisee zählt mit einer Länge von 560 km, einer Breite bis zu 80 km (durchschnittlich 50 km) und einer Tiefe von bis zu 704 m zu den größten Seen im Ostafrikanischen Grabenbruch. Er ist somit ca. neunmal so groß wie der Bodensee.

Der Malawisee wird in Bezug auf seine Größe in Ostafrika nur vom Tanganjikasee und vom Viktoriasee übertroffen und ist der neuntgrößte See der Erde.

Der größte Teil des Sees (der westliche und der südliche Teil) gehören zu Malawi, der nordöstliche Teil zu Tansania und ein relativ großer Streifen der Ostküste untersteht der Verwaltung Mosambiks. Der Malawisee ist in der Aquaristik für seinen Artenreichtum an Fischen bekannt. Bis jetzt sind über 600 Fischarten entdeckt und beschrieben worden. Forscher schätzen aber, das in tieferen Regionen noch mindestens 200 bis 300 Arten im verborgenen Leben. Viele farbenprächtige Arten der maulbrütenden Buntbarsche sind in der Aquaristik stark verbreitet. Die chemische Zusammensetzung des Wassers ist im ganzen See recht einheitlich. Der pH-Wert variiert zwischen 7,8 und 8,5. Die saisonalen Temperatur- und Niederschlagsschwankungen führen zu Veränderungen der Sichtverhältnisse unter Wasser: diese können sich von 1 m an einem heißen Tag im Februar auf über 20 m an windstillen Tagen im Oktober verbessern. Am Ende der Regenzeit (im Mai) kann der Wasserspiegel des Sees 2 m über dem Stand am Ende der Trockenzeit (im November) liegen, da der See nur einen einzigen Ausfluß besitzt, den Fluß Shire an seiner Südspitze.